Nefyto kent een algemeen bestuur waarin alle ondernemingen zijn vertegenwoordigd die als deelnemer aan Nefyto zijn verbonden.

Het dagelijks bestuur is verantwoordelijk voor de dagelijkse gang van zaken en de externe vertegenwoordiging en bestaat sinds november 2017 uit:
 

Carlos Nijenhuis, voorzitter (Certis Europe)	Meerten Smit (BASF Nederland)	Han Rupert (ADAMA Northern Europe)
Jonathan Halstead (Syngenta)	Brian Naber (Bayer)

 

Nefyto wordt juridisch en beleidsmatig bijgestaan door Brabers in Den Haag; tevens is bij Brabers het secretariaat van Nefyto ondergebracht. Brabers zorgt ook voor een belangrijk deel van de externe vertegenwoordiging, de afstemming van standpunten van de verschillende bedrijven en de interne en externe communicatie.

Het Nefyto team bij Brabers is als volgt samengesteld:​

 

Binnen Nefyto zijn de volgende vaste commissies en werkgroepen actief:
 

Houdt zich bezig met de toelating van gewasbeschermingsmiddelen en landbouwkundige aspecten van het middelengebruik.
 

Kerngroep van senior technische en registratiedeskundigen.
 

In deze werkgroep worden zaken met betrekking tot logistiek (zoals etikettering, vervoer en opslag) besproken.
 

Deze werkgroep is verantwoordelijk voor de uitwerking van het communicatiebeleid van Nefyto.
 

In deze werkgroep worden zowel toelatingstechnische aspecten als Product Stewardshipzaken besproken met betrekking tot gewasbescherming en water.