Gewasbeschermingsmiddelen worden uitgebreid getest en beoordeeld voor mogelijke de effecten op waterorganismen, vogels, zoogdieren, planten en insecten. De interacties met flora, fauna en de leefomgeving zijn echter complex. Hierdoor kunnen tijdelijke effecten niet altijd worden voorkomen. Deskundigen zijn het erover eens dat de invloed van toegelaten middelen beperkt is, mits gebruikt overeenkomstig de voorschriften op het etiket.

Door gewasbeschermingsmiddelen bewust in te zetten en te integreren in andere (biologische) bestrijdingsmethoden, kunnen eventuele ongewenste effecten op het milieu verder worden teruggebracht. Dit is het principe van de geïntegreerde teelt. Door toegenomen kennis kunnen natuurbeheer en landbouw beter worden gecombineerd.

Uit berekeningen van het RIVM in opdracht van het Milieu en Natuur Planbureau voor de tussentijdse evaluatie van het gewasbeschermingsbeleid tot 2010 blijkt dat de belasting van het oppervlaktewater in Nederland in de periode 1998-2005 met 86% is teruggebracht. Met deze reductie is het tussendoel van de nota Duurzame gewasbescherming voor oppervlaktewater (75% reductie van de milieubelasting in 2005) gehaald.
Driekwart van de berekende reductie van de milieubelasting is bereikt doordat telers hun bedrijfsvoering hebben aangepast, onder andere door emissiereducerende apparatuur te gebruiken en door teeltvrije zones in het kader van het Lozingenbesluit Open Teelt en Veehouderij. Het resterende kwart van de reductie is gerealiseerd door veranderingen in het pakket toegelaten middelen voor gewasbescherming. In de periode 1998-2005 zijn 90 chemische gewasbeschermingsmiddelen van de markt verdwenen, ofwel doordat de overheid ze verbood ofwel doordat de industrie ze niet langer beschikbaar stelde. Tegelijkertijd heeft de industrie 39 nieuwe, minder milieubelastende middelen op de markt gebracht.

Uit berekeningen van het RIVM blijkt tevens dat in de periode 1998 - 2005 de milieubelasting van grondwater en bodem is afgenomen met respectievelijk 60% en 80%.

Water

Bij de toepassing van gewasbeschermingsmiddelen is het mogelijk dat de middelen niet alleen op de gewassen, maar ook in het grondwater of het oppervlaktewater terechtkomen. Dit kan bijvoorbeeld gebeuren door uitspoeling, vervluchtiging of drift (zie bovenstaand figuur).

Om de kwaliteit van het water te waarborgen, moeten gewasbeschermingsmiddelen aan strenge eisen voldoen. De bedrijven die de middelen op de markt willen brengen doen uitgebreid onderzoek naar alle eigenschappen van hun product. Pas als een middel aan alle eisen voldoet, wordt het toegelaten. Daarbij kan de toepassingswijze worden gereguleerd, bijvoorbeeld via emissiebeperkende voorschriften en technieken. Op deze manier wordt zo veel mogelijk voorkomen dat gewasbeschermingsmiddelen in het oppervlaktewater belanden. 

Normen
Naast de toelatingseisen voor gewasbeschermingsmiddelen zijn er Europese regels die ervoor zorgt dat de waterkwaliteit in alle Europese landen vanaf 2015 op orde is. De Kaderrichtlijn Water vraagt van alle Europese landen om inspanningen te verrichten om dit te bereiken. Ook deze regelgeving kan leiden tot andere voorschriften voor het gebruik van gewasbeschermingsmiddelen om de ecologische kwaliteit van het water te beschermen. Daarnaast geldt er speciaal voor water dat is bestemd om als drinkwater te worden gebruikt een aparte drinkwaternorm, deze norm is uit voorzorg heel laag (0,1µg/l). Bij deze lage concentratie treden geen gezondheidsrisico's op.

Verdere reductie
Vanuit de verantwoordelijkheid van Product Stewardship willen Nefyto-deelnemers méér doen dan wat strikt door wet- en regelgeving wordt voorgeschreven. Door de ontwikkeling van modernere gewasbeschermingsmiddelen, maar ook door mee te werken aan onderzoek van derden, bijvoorbeeld onderzoek naar nieuwe toepassingstechnieken of emissiebeperkende maatregelen. In het Convenant Duurzame Gewasbescherming, waarbij Nefyto partij is, wordt gestreefd naar een verdere reductie van de milieubelasting als gevolg van de toepassing van gewasbeschermingsmiddelen. De doelstelling is dat de milieubelasting in het jaar 2010 met 95% is verminderd ten opzichte van het jaar 1998. Een van de projecten die in het convenant duurzame gewasbescherming is afgesproken is het oplossen van de knelpunten die een aantal gewasbeschermingsmiddelen oplevert voor de waterkwaliteit. In het project Schone Bronnen nu en in de toekomst werkt Nefyto hierbij samen met de drinkwaterbedrijven (VEWIN), de beheerders van oppervlaktewater (Unie van Waterschappen) en met de boeren- en tuindersorganisatie LTO Nederland.