Waar mogelijk neemt Nefyto het initiatief om via zelfregulering tot afspraken te komen. Dat kunnen afspraken binnen de branche zijn, maar ook bijvoorbeeld convenanten met overheden of andere partijen.
In oktober 2006 is door alle bij Nefyto aangesloten bedrijven de Product Stewardship Gedragscode ondertekend.
Sinds 2003 is Nefyto partner bij het Convenant duurzame gewasbescherming. Tezamen met de Ministeries van LNV en VROM, de drinkwaterbedrijven, de waterschappen, LTO Nederland, Agrodis en Plantum NL wordt gewerkt aan het bereiken van de doelstellingen van de Nota duurzame gewasbescherming.
Nefyto is daarnaast actief betrokken bij het Fonds Kleine Toepassingen, via het bestuur en het beheer van de Stichting Kleine Toepassingen Gewasbeschermingsmiddelen. Dit is een belangrijk instrument om toelatingen mogelijk te maken voor toepassingen van gewasbeschermingsmiddelen in teelten met een beperkte omvang en/of voor ziekten of plagen die minder frequent voorkomen.
Verder heeft Nefyto in een convenant met overheid en bedrijfsleven afspraken vastgelegd over de wijze waarop gebruikte verpakkingen en resten van gewasbeschermingsmiddelen worden afgevoerd. Dit Convenant inzake Resten en Gebruikte Verpakkingen van Gewasbeschermingsmiddelen heeft geleid tot de STORL-regeling (zie www.storl.nl).